В 1915 году омское Общество хоругвеносцев ходатайствовало об отводе участка городской земли для постройки храма. Городская Дума выделила участок в 1000 кв. саженей с условием посадить сад и предоставить его в общественное пользование. Никольская церковь в восточной части Омска в поселке Игнатовке Кривощековского форштадта (современные ул. Ремесленные) была освящена в 1919 г. свт. Сильвестром (Ольшевским). Храм был не достроен, без куполов и колокольни. Строители использовали проект столичного архитектора А. И. фон Гогена для церкви на территории омского госпиталя, но в отличие от Скорбященского храма, в Никольской церкви есть полуподвальный этаж.

После того как все священники и наиболее активные прихожане храма были арестованы, 4 июля 1939 года Омский облисполком утвердил решение Куйбышевского райсовета от 20.04.39 о передаче здания церкви школе № 13 под клуб.

В 1940-е годы Игнатовская церковь была в хорошем состоянии, в ней размещался воинский склад. Позднее в храме открыли кинотеатр «Экран».

Здание было поставлено на государственную охрану как памятник архитектуры решением облисполкома № 139 от 23.05.89. Решением малого горсовета в 1990г. его передали Омско-Тарской епархии.

Первым настоятелем был назначен протоиерей Николай Морозов. После его перехода в Смоленскую епархию настоятелем был назначен иерей Михаил Вивчар.

С июня 1992 г. в храме начались службы на постоянной основе. Был проведен ремонт, установлен иконостас, постелен пол. В 1995 г. была построена колокольня и восстановлен купол с крестом. В 1999 г. был восстановлен световой купол над алтарем. Позже освящены и остальные шатровые купола с крестами. Заменена кровля, построен забор, размежевана земля. В 2003 г. построен дом притча с классами воскресной школы.

Третьим настоятелем после передачи храма РПЦ в сентябре 2007 г. был назначен иерей Василий Вивчар. В 2008 г. начались реставрационные работы фасада здания, завершенные в 2010г. За 2009-2010гг была смонтированы ливневая и дренажная системы вокруг храма, благоустроена прилегающая территория.

С мая по октябрь 2011г. был назначен новый настоятель — протоиерей Сергий Парамут.

В октябре 2011 г. настоятелем был возвращен иерей Василий Вивчар. С 2012 по 2016гг. была произведена капитальная реконструкция храма. Усилен фундамент и произведена гидроизоляция его наружных стен, проложена дренажная система внутри храма; заменены перекрытия полов нижнего и верхнего храма; установлен новый автоматизированный теплоузел с теплыми паровыми полами верхнего и нижнего храма; очищены стены от штукатурки, заменены выпадающие кирпичи стен; обновлена вся электропроводка; построена новая трапезная. С 2017г. началось расширение церковной территории, были приобретены близлежащие земельные участки, обустроено 43 парковочных места возле храма.

В настоящее время в храме совершается богослужение, действует воскресная школа, проводятся огласительные беседы с желающими креститься или стать крестными родителями.